Alguns dos problemas mais comumente apresentados pelas pontes Floyd Rose dizem respeito à afinação.

Os modelos que possuem Holder Blocks, com os quais as cordas são travadas no sadle, são mais seguros quanto à afinação, porém outros problemas podem estar afetando o funcionamento do sistema:

Em todos os casos acima descritos a ajuda de um Luthier é indispensável, pois esses são apenas alguns dos possíveis problemas encontrados nesse tipo de ponte.